จากข้อมูลของคุณ มีข้อสงสัยในคำถามครับว่า กรณีนี้ หมายถึงการที่บริษัทจ้างบุคคลอื่นเข้ามาทำหน้าที่เป็นที่ปรึกษาในการทำงานของบริษัทใช่หรือไม่ และประเด็นที่คุณสงสัย คือ เวลาบริษัทจ่ายเงินให้ที่ปรึกษา จะจ่ายให้โดยหักภาษี ณ ที่จ่าย ตามหลักกฎหมายข้อใด
เหตุที่ถาม เพราะตามประมวลรัษฎากรที่เกี่ยวข้องมีประเด็นที่ต้องพิจารณาเพื่อความถูกต้องอยู่หลายอย่าง เนื่องจากหาลักษณะการจ่ายค่าที่ปรึกษานั้น เป็นการจ่ายออกไปในลักษณะงานที่แตกต่างกันก็อาจทำให้เข้าหลักการหักภาษี ณ ที่จ่ายต่างกันไปด้วย เนื่องจาก การจ่ายเข้าเงื่อนไขที่เป็นภาษีเงินได้ต่างประเภทกันนั่นเองครับ
ในกรณีที่คุณถาม ผมต้องเรียนตามตรงว่า หากพิจารณาในฐานะผู้รับเงิน
ก็อาจสามารถรับเงินจากคุณตามหลักเกณฑ์เงินได้อยู่ 3 ลักษณะ ขึ้นอยู่กับลักษณะงานที่จ้างครับ คือ ตามมาตรา 40(2) ในฐานะ้เงินได้จากหน้าที่หรือตำแหน่งงานที่ทำ หรือการรับทำงานให้ ก็อาจไม่จำเป็นต้องหัก ณ ที่จ่ายไว้ครับ (ขึ้นอยู่กับกรณีการรับเงินด้วย ว่าสั่งจ่ายเงินให้หน่วยภาษีประเภทใด) แต่หากการงานที่ว่าจ้างที่ปรึกษานั้นเข้าหลักเกณฑ์เงินได้ในมาตรา 40(6) คือ เงินได้ตามวิชาชีพอิสระ เช่น กฎหมาย บัญชี วิศวกรรม สถาปัตยกรรม กรณีนี้ บริษัทผู้จ้างมีหน้าที่หัก ณ ที่จ่าย ในอัตราร้อยละ 3 ครับ หรือสุดท้าย เงินได้ประเภทอื่นๆ ตาม 40 (

ซึ่งก็ต้องถูกหักไว้ในอัตราร้อยละ 3 เช่นเดียวกัน (ดูหลักเกณฑ์จากเว็บสรรพากรประกอบก็ดีนะครับที่
http://www.rd.go.th/publish/fileadmin/download/tab_tp4_101.pdf)
ดังนั้น จะเห็นว่า
ประเด็นที่คุณถาม สาระที่แท้จริงก็คือ คุณจ้างให้ที่ปรึกษาทำงานอะไรเป็นกรณีที่ทางคุณควรต้องพิจารณาในสาระสำคัญของงานเป็นหลักครับ โดยคุณจ่ายเงินได้ให้เขาเข้าหลักเกณฑ์เงินได้ประเภทใดก็พิจารณาหัก ณ ที่จ่าย ตามเกณฑ์ของเงินได้ประเภทนั้นๆ ต่างหาก เช่น บริษัทคุณจ้างที่ปรึกษาบุคคล
เพื่อวางระบบบัญชี โดยคุณเห็นว่า
การจ่ายเงินได้ให้เขาเป็นค่าบริการที่มาจากการทำงานตามวิชาชีพของเขา ก็จะเข้าหลักเกณฑ์ที่เป็นเงินได้ตาม 40(6) แต่ถ้าคนที่มาวางระบบบัญชีเป็นการติดตั้งระบบที่เป็นโปรแกรมสำเร็จรูปเพียงแค่ต้องปรับแต่งรายละเอียดเล็กน้อยเพื่อให้เป็นระบบของบริษัทคุณ เช่น ตั้งค่าให้การออกใบเสร็จเป็นชื่อบริษัทคุณ ซึ่งเป็นงานที่เกี่ยวข้องกับโปรแกรมคอมพิวเตอร์ ไม่ได้เกี่ยวข้องกับงานระบบบัญชี เพราะเป็นซอฟท์แวร์สำเร็จรูปอยู่แล้ว ตรงนั้น
อาจพิจารณาว่าไม่ได้เกี่ยวข้องกับงานวิชาชีพ ดังนั้นการจ่าย จึงน่าจะเข้าหลักเกณฑ์ตาม 40(2) การรับจ้างทำงานมากกว่า โดยประเด็นต่างๆ เหล่านี้ หากเป็นไปได้ กรุณาทำหมายเหตุไว้ในรายการอนุมัติจ่ายเงินของบริษัทคุณเพื่อให้เวลาผู้สอบบัญชีเกิดข้อสงสัยจะได้ตอบได้ด้วยนะครับ ไม่อย่างนั้นอาจเกิดปัญหากับการตรวจสอบงบปลายปีได้ครับ
อย่างไรก็ดี หากยังมีข้อสงสัย แนะนำให้ไปโพสต์ข้อสงสัยพร้อมรายละเอียดในบอร์ดภาษีอากรจะดีกว่านะครับ เพราะเรื่องนี้ เป็นเรื่องภาษีอากรโดยตรง นอกจากนั้ หากมีข้อสงสัยก็อาจติดต่อได้ที่หน่วยงานรัฐที่เกี่ยวข้องเช่นที่สำนักงานสรรพากรท้องที่ซึ่งคุณติดต่ออยู่ก็ได้ครับ